Інститут засновано у 1931 році як Всесоюзний науково-дослідний інститут конопель.
У 1991 р. установу підпорядковано Українській академії аграрних наук (наказ Президента УААН № 269 від 06.11.1991р.), а у 1992 р. змінено назву – Інститут луб’яних культур УААН (наказ Президента УААН № 100 від 14.04.1992 р.). У зв’язку з наданням Українській академії аграрних наук статусу національної (постанова Кабінету міністрів України від 28 липня 2010 р. № 661) інститут отримав назву – Інститут луб’яних культур НААН. наказом Національної академії аграрних наук України від 07 вересня 2010 р. №69 визначено найменування інституту: «Інститут луб’яних культур Національної академії аграрних наук України».
Наказом Національної академії аграрних наук України від 28 грудня 2010 р. №458 інституту підпорядкована «Дослідна станція лікарських рослин Інституту агроекології і економіки природокористування НААН» і затверджено найменування Інституту: «Інститут луб’яних культур та фітофармацевтичної сировини Національної академії аграрних наук України». Наказом Національної академії аграрних наук України від 15 грудня 2011 р. №353 Дослідна станція лікарських рослин Інституту луб’яних культур та фітофармацевтичної сировини НААН підпорядкована Інституту сільського господарства Північного Сходу НААН.
У відповідності з наказом Національної академії аграрних наук України від 25 січня 2012 р. №12 інститут перейменовано в Дослідну станцію луб’яних культур Інституту сільського господарства Північного Сходу Національної академії аграрних наук України.
Згідно з наказом НААН № 292 від 06.12.2016 р. установі поновлено статус інституту.
Історія становлення установи пов’язана з іменами відомих учених у галузі сільського господарства, таких як академік АН України М.М.Гришко, члена-кореспондент Української академії сільськогосподарських наук Д.Ф.Лихвар, професори А.С.Хрєнніков, С.І.Лебедєв, К.В.Малуша, М.Г.Городній, А.П.Дьомкін та ін.
За вагомий внесок у розвиток науки співробітники інституту відзначені урядовими нагородами:
Лауреати Державних премій: Котюхов Павло Володимирович, Переверзєв Григорій Антонович, Воловик Самуіл Симонович, Гончаров Григорій Іванович, Невинних Василь Олексійович, Сенченко Григорій Іванович;
Лауреати премії Української академії аграрних наук “За видатні досягнення в аграрній наукці”: Вячеслав Гаврилович Вировець, Лідія Михайлівна Горшкова, Іван Іванович Щербань, Ірина Михайлівна Лайко та Микола Михайлович Орлов;
Орденом Леніна– Сенченко Григорій Іванович та Гришко Микола Миколайович;
Орденом Трудового Червоного Прапора – Сенченко Григорій Іванович та Гончаров Григорій Іванович;
Орденом “Знак пошани” – Хренніков Анатолій Сергійович, Тимонін Михайло Олександрович, Гончаров Григорій Іванович (двічі), Дьомкін Андрій Павлович, Орлов Микола Михайлович, Горшков Анатолій Петрович, Лесик Борис Васильович, Лихвар Данило Федорович;
Орденом “За заслуги” 3-го ступеня – Голобородько Павло Арсентійович;
Грамотою Президії Верховної Ради УРСР – Сенченко Григорій Іванович і Вировець Вячеслав Гаврилович;
Почесною грамотою Кабінету Міністрів України – Голобородько Павло Арсентійович, Жуплатова Людмила Михайлівна, Вировець Вячеслав Гаврилович, Коротя Катерина Яківна, Орлов Микола Михайлович;
Почесне звання Заслужений діяч науки і техніки України присвоєно Сенченку Григорію Івановичу та Голобородьку Павлу Арсентійовичу, Заслужений механізаторУРСР – Гончарову Григорію Івановичу.
Досягнення інституту відзначені багатьма вітчизняними і зарубіжними дипломами і грамотами. У 2003 р. за високий рівень наукових досліджень Національною іміджевою програмою “Лідери ХХІ століття” інститут відзначено знаком якості “Вища проба” України, а у 2006 р. колектив нагороджено Почесною грамотою Кабінету Міністрів України.